Die Hamburger Schwesternschaft Bethesda entschied 1905, ihr Diakonissenhaus nach Rotenburg zu verlegen. Die neu zu erbauende Kirche sollte gemeinsam von den Diakonissen und den damaligen Bewohnerinnen und Bewohnern des damaligen »Asyls« genutzt werden. Die Grundsteinlegung fand am 19. November 1910 statt, das Kirchweihfest wurde am 2. Sonntag nach Ostern des Jahres 1912 gefeiert. Ihren Namen bekam die Kirche nach dem Evangelium dieses Sonntags, in dem Jesus Christus sagt: »Ich bin der gute Hirte. Meine Schafe hören meine Stimme, und ich kenne sie, und sie folgen mir; und ich gebe ihnen das ewige Leben«. (Johannes 10, 27f)
Die Kirche wurde von Rudolf Schäfer (1878 - 1961) ausgemalt. Erhalten blieb das Altarbild, das als Triptychon die Geburt Jesu, die fünf klugen Jungfrauen und die Emmaus-Jünger darstellt, das Kreuz und das Fenster an der Ostseite der Kirche. Die Grabstätte Rudolf Schäfers befindet sich an der Südseite der Apsis. Der Wandteppich mit der Darstellung des »Guten Hirten«, der eins wird mit seiner Umgebung und sich doch gleichzeitig von ihr abhebt, wurde im Jahr 2002 von dem Oberndorfer Künstler Raimund Adametz für unsere Kirche entworfen und gewebt. Umgeben ist unsere Kirche vom Friedhof des Diakonissen-Mutterhauses und der Rotenburger Werke der Inneren Mission. An der Nordseite befindet sich ein Mahnmal, das an jene 549 Bewohnerinnen und Bewohner erinnert, die der Vernichtung so genannten »lebensunwerten« Lebens in den Jahren 1933 bis 1945 zum Opfer fielen.
Neben der Kirche Zum Guten Hirten hat unsere Kirchengemeinde noch zwei weitere Gottesdienstorte, an denen regelmäßig Gottesdienste und Andachten stattfinden:
Im Lutherhaus auf dem Kalandshof (Verdener Straße/Am Kalandshof) ist jeden Sonntag um 9:30 Uhr Gottesdienst.
In der Kapelle des Diakonissen-Mutterhauses ist jeden Samstag um 18:30 Uhr Vesper und jeden Montag um 8:00 Uhr Mette.